| 機關各部門 | 醫院 | 學院 | 學部，研究、教輔機構 | 其他 |
| 黨委辦公室（校長辦公室、機關黨委、檔案館） | 第一醫院 | 研究生學院 | 臨床實踐教學部 | 科技總公司 |
| 紀委（監察處、省監委駐河北醫科大學監察專員辦公室） | 第二醫院 | 基礎醫學院 | 社會科學部 | |
| 黨委組織部 | 第三醫院 | 藥學院 | 外語部 | |
| 黨委宣傳部 | 第四醫院 | 公共衛生學院 | 體育教學部 | |
| 黨委統戰部 | 口腔醫院 | 中西醫結合學院 | 基礎醫學研究所 | |
| 工會 | 護理學院 | 中西醫結合研究所 | ||
| 團委 | 法醫學院 | 醫教協同與醫學教育研究中心 | ||
| 發展規劃處 | 醫學技術學院 | 技術轉移中心 | ||
| 人事處 | 醫學影像學院 | 教師發展中心 | ||
| 教務處（招生辦公室） | 臨床學院 | 網絡與教育技術中心 | ||
| 科技處 | 國際教育學院 | 教學實驗中心 | ||
| 學生處（就業指導中心） | 繼續教育學院 | 期刊社 | ||
| 國際合作與交流處 | 鄉村醫師學院 | 圖書館 | ||
| 財務處 | 第一臨床醫學院 | 實驗動物學部 | ||
| 國有資產與實驗室管理處 | 第二臨床醫學院 | |||
| 后勤管理處 | 第三臨床醫學院 | |||
| 審計處 | 第四臨床醫學院 | |||
| 安全工作處 | 口腔醫學院 | |||
| 離退休辦公室 | 全科醫學系 |
職能部門
二級單位
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